La Senacyt implementó un programa de ética institucional en atención a los esfuerzos de fomentar una cultura de cero tolerancia a la corrupción. Como parte del programa, se redefinió la misión, la visión y los valores institucionales de la secretaría.

El Compendio ético contiene un código de ética y las siguientes políticas:

La política de cumplimiento y anticorrupción que busca motivar a los colaboradores de la Senacyt a conducirse con rectitud e integridad, así como mantener una conducta coherente con los valores de la institución. En la Senacyt no se acepta ni se permite que ninguno de sus colaboradores acceda, en ninguna circunstancia, a ser parte de actos de corrupción.
La política de conflicto de interés que busca el compromiso de los colaboradores de la Senacyt para que sus actuaciones y toma de decisiones sean congruentes con los intereses de la institución, haciendo a un lado cualquier interés personal.
La política y manejo de la información que procura que toda la información que la Senacyt tiene sobre proyectos, actividades, colaboraciones y alianzas se maneje con la debida confidencialidad, sin dejar de tener un enfoque en la transparencia de la información pública.
La política interna contra el acoso laboral y el acoso sexual pretende brindar a todas y todos los miembros de la institución los lineamientos generales sobre el abordaje integral del acoso laboral y sexual dentro de la Senacyt, en busca de un ambiente de trabajo sin discriminación y libre de acoso. 
La política interna contra el racismo y la discriminación racial que tiene el objetivo de promover un ambiente institucional inclusivo y libre de distinción, exclusión o restricción por motivos de pertenencia a pueblos indígenas. La secretaría no tolerará ningún tipo de manifestación con denotación discriminatoria o racista en cualquiera de sus expresiones.
La Política interna de lactancia materna tiene como objetivo apoyar, promover y proteger las buenas prácticas de la lactancia materna entre los servidores públicos y colaboradores. La Política incluye los 10 pasos de la iniciativa de “Espacios Amigos de la Lactancia Materna” promovidos por el Ministerio de Trabajo y Previsión Social.

El programa cuenta, además, con la integración de un comité de ética, la máxima instancia que realiza el monitoreo de las conductas y el comportamiento de los integrantes de la institución. El comité tiene a su cargo conocer, en única instancia, y resolver los casos relacionados con las faltas éticas.

Asimismo, se habilitaron canales de denuncia confidenciales y sin represalias para el denunciante, los cuales son de conocimiento exclusivo del comité de ética.